Hormónatengt mígreni tengist meðal annars breytingum á hormónamagni, sérstaklega estrógeni. Þegar estrógen lækkar hratt fyrir blæðingar getur það haft áhrif á taugakerfið og valdið mígreniskasti. Algengast er því að köstin verði rétt fyrir blæðingar (t.d. 2-3 dögum fyrir) og í upphafi þeirra. En getur þó líka staðið yfir á meðan blæðingar standa yfir og nokkrum dögum eftir að þeim lýkur. Hormónabreytingar geta einnig tengst mígreni á öðrum tímabilum, til dæmis við meðgöngu, eftir fæðingu, tíðahvörf eða við notkun hormónagetnaðarvarna. 

​

Hvert kast getur varað í um 4 - 72 tíma, þó það gæti bæði varað lengur og skemur. Ekki er enn að fullu ljóst hvers vegna hormónasveiflur hafa mikil áhrif á mígreni hjá sumum en minni áhrif hjá öðrum.